در سوى ديگر «جماعت اسلامى‏» است كه در راس حركت‏هاى اسلامى غرب‏ستيز و بويژه ضد امريكايى قرار دارد. اين جماعت، با آن كه دلايل قوى بر پيوند نزديك آن با تشكيلات القاعده وجود ندارد، اما مقولاتى شبيه مقولات فكرى القاعده را مبناى خود قرار داده است. شخصى كه عمر فاروق خوانده مى‏شود و گويا شهروند كويت و از زندانيان نيروهاى امريكايى است كه در پايگاه هوايى بگرام افغانستان دستگير شده، اعتراف كرده كه در سلسله عمليات و انفجارات در كليساهاى اندونزى - كه در شب سال نو 2001 م 18 كشته بر جاى گذاشت - دست داشته است. وى ادعا كرده كه تحت فرمان شيخ ابوبكر باعشير - 64 ساله - كه مقامات امنيتى او را رهبر معنوى جماعت اسلامى مى‏دانند، بوده است